Rektor har det övergripande ansvaret för lärosätet och tillsätts av stiftelsens styrelse. Till stöd har rektor ett kansli och högskolans ledningsgrupp.

Rektor och rektors kansli

Agneta Marell, rektor
Mats Jackson, prorektor
Lucia Naldi, vicerektor forskning
Robert Gunnarsson, vicerektor utbildning
Nerrolyn Ramstrand, rektorsråd för internationalisering
Adam Gustafsson, ekonomidirektör
Emma Carlström, högskolejurist
Ingrid Estrada-Magnusson, HR-direktör
Jenny Dahlkild, kanslichef
Erik Eliasson, senior rådgivare forskningsmedel
Pernilla Nedar, ekonomisk rådgivare forskningsmedel
Danielle Tärnhamn, rektors sekreterare
Niklas Sjöstrand, administratör

Högskolans ledningsgrupp

För beredning av högskolegemensamma frågor och som förankring av förslag som rektor eller stiftelsestyrelsen ska fatta finns en ledningsgrupp som möts varannan vecka. I ledningsgruppen ingår koncernledningen, samtliga vd:ar för fackhögskolorna, vd:ar för Högskoleservice och Jönköping University Enterprise samt Studentkårens ordförande.

Agneta Marell, rektor
Mats Jackson, prorektor
Lucia Naldi, vicerektor forskning
Robert Gunnarsson, vicerektor utbildning
Nerrolyn Ramstrand, rektorsråd för internationalisering
Adam Gustafsson, ekonomidirektör
Ingrid Estrada-Magnusson, HR-direktör
Jenny Dahlkild, kanslichef Rektors kansli
Marie Ernsth-Bravell, vd Hälsohögskolan 
Marie Öhman, vd Högskolan för lärande och kommunikation
Ingrid Wadskog, vd Tekniska Högskolan
Jerker Moodysson, vd Jönköping International Business School
Ann Fust, interim vd Högskoleservice 
Johan Palsgård, vd Jönköping University Enterprise
Ordförande Jönköpings Studentkår